L’Écriture sainte se rend témoignage à elle-même et ne dépend d’aucun témoignage externe, elle s’authentifie elle-même comme Parole de Dieu. ~ 2 Timothée 3.16
Une fois que l’on affirme le principe Sola Scriptura, il est nécessaire de déterminer quels sont les livres inspirés. Sur quelle base acceptons-nous certains livres et en rejetons-nous d’autres? Est-ce l’Église qui a reçu l’autorité divine pour établir le canon inspiré? L’approche réformée considère qu’il est erroné de placer l’Église au-dessus de l’Écriture et affirme que l’Écriture, puisqu’elle est la Parole de Dieu, n’a pas besoin d’une confirmation extérieure à elle-même. Dieu lui-même, qui ne dépend de rien et qui est la Vérité, est celui seul qui rend témoignage à sa Parole par sa Parole (Hé 6.13-18). L’Écriture s’authentifie et se confirme elle-même puisqu’elle est la Parole de Dieu qui ne peut trouver un plus grand témoin qu’elle-même.
La confession commence par définir positivement le canon biblique au paragraphe 2 en énumérant tous les livres bibliques. Puis au paragraphe 3 elle le définit négativement en mentionnant spécifiquement certains livres qui en sont exclus :
(Par. 2) L’Écriture sainte ‑ ou la Parole de Dieu écrite ‑ comprend tous les livres de l’Ancien et du Nouveau Testament (…) : [la confession énumère tous les livres de l’A.T. et du N.T.] Tous ces livres ont été inspirés par Dieu pour être la règle de foi et de la vie.
(Par. 3) Les livres généralement appelés « apocryphes » ne sont pas d’inspiration divine. Par conséquent, ils ne font pas partie du Canon ou de la règle de l’Écriture, et de ce fait, n’ont aucune autorité dans l’Église de Dieu, et ne doivent pas être estimés ou utilisés différemment d’autres écrits humains.
L’exclusion des apocryphes constitue la différence entre le canon biblique reconnu par les protestants et celui reconnu par les catholiques. Les livres apocryphes se sont retrouvés dans la Bible lorsque Jérôme a publié la Bible en latin au début du 5e siècle. À cette époque, l’Église ne reconnaissait pas l’inspiration divine de ces écrits et les avait joints aux Écritures uniquement comme des livres ayant une valeur historique, en particulier pour rapporter l’histoire du peuple juif entre l’Ancien et le Nouveau Testament. Avec le temps, l’Église a utilisé ces livres pour défendre des doctrines étrangères aux Écritures. La Réforme protestante, bien qu’elle ait reconnu la valeur historique des livres apocryphes, les a retirés du canon. Les réformateurs sont revenus à la conception néotestamentaire des Écritures de l’Ancien Testament. Le Nouveau Testament reconnait les Écritures inspirées en affirmant l’autorité du canon qui était reconnu par les Juifs du premier siècle : la Loi, les Prophètes et les Psaumes (Lc 24.27, 44). Cette désignation inclut les livres compris dans l’Ancien Testament qui sont énumérés par la confession de foi au paragraphe 2.
En ce qui concerne la formation du canon du Nouveau Testament, le critère d’admission est l’apostolicité. Ce n’est pas l’Église qui a décidé quels livres en feraient partie, mais les écrits apostoliques se sont imposés d’eux-mêmes à l’Église qui les a simplement reconnus en se soumettant à l’autorité des apôtres. Ces derniers reçurent de Christ le pouvoir et l’inspiration divine pour parler en son Nom : Matthieu 16.17-19 ; Jean 16.12-15 ; 1 Corinthiens 12.28 ; Éphésiens 2.20. Les apôtres avaient conscience que leur parole était la Parole de Dieu (1 Th 2.13). L’apôtre Pierre met sur un pied d’égalité les écrits de l’apôtre Paul avec les autres Écritures (2 P 3.15-16). Paul déclare que son office apostolique lui confère l’autorité de donner des commandements à l’Église au nom du Seigneur (Phm 1.8 ; 1 Co 7.10-12, 17, 25). Dans sa lettre à Timothée, l’apôtre Paul cite l’Évangile de Luc comme Parole de Dieu (1 Tm 5.18 ; Lc 10.7). L’autorité des apôtres n’était pas limitée à une Église locale, mais s’étendait sur l’Église universelle ; c’est pourquoi leurs lettres devaient se constituer en canon apostolique (Col 4.16 ; 1 Th 5.27). Bien que tous les livres du Nouveau Testament n’ont pas été directement écrits par un apôtre formellement reconnu, ils sont tous apostoliques dans le sens où ils ont reçu la caution divine du conseil apostolique (Ga 2.8-9) et sont en harmonie entre eux (Rm 16.25-26).