Certains protestants trouvaient toutefois que les réformateurs n’avaient pas suffisamment rejeté les défauts de l’Église catholique papiste. À leur sens, l’Église chrétienne ne devait se composer que de pratiquants fidèles qui se feraient baptiser, et non de tous les membres d’une communauté ou d’une nation. C’est pourquoi ils rejetaient le baptême des nouveau-nés et exigeaient la séparation de l’Église et de l’État. Comme ils rebaptisaient secrètement leurs compagnons croyants, on leur donna le nom d’anabaptistes (ana voulant dire “de nouveau” en grec). Du fait qu’ils refusaient de porter les armes, de prêter serment ou d’assumer des fonctions publiques, ils étaient considérés comme une menace pour la société, et ils furent persécutés tant par les catholiques que par les protestants.
33 Les anabaptistes vécurent d’abord en petits groupes éparpillés en Suisse, en Allemagne et aux Pays-Bas. Étant donné qu’ils prêchaient leurs croyances partout où ils allaient, leur nombre augmenta rapidement. En 1534, emportés par leur ferveur religieuse, un groupe d’anabaptistes abandonnèrent leur pacifisme et prirent la ville de Münster. Ils voulaient en faire une Nouvelle Jérusalem organisée en une communauté pratiquant la polygamie, mais leur mouvement fut vite endigué avec une rare violence. Cette tentative porta atteinte à la réputation des anabaptistes, qui furent presque exterminés. En réalité, la majorité des anabaptistes étaient des gens simples et croyants qui s’efforçaient de mener une vie tranquille, à part. Parmi leurs héritiers les mieux organisés, on dénombrait les mennonites, disciples du réformateur néerlandais Menno Simons, et les huttérites, dirigés par le Tyrolien Jakob Hutter. Pour fuir la persécution, certains d’entre eux émigrèrent en Europe de l’Est (en Pologne, en Hongrie et même en Russie), d’autres en Amérique du Nord, où on les retrouva finalement dans les communautés huttérites et amish.