Newton considérait Dieu comme la Source de toute vérité. Il témoignait une profonde dévotion pour son Créateur et il passait plus de temps à chercher le vrai Dieu qu'à faire des découvertes scientifiques. Même s'il n'avait pas une claire compréhension de tout le message biblique, il perçut néanmoins certaines vérités. Ainsi, il rejeta la doctrine de la Trinité. Pour argumenter sa position, il examina toutes les preuves disponibles à partir de textes anciens concernant deux passages bibliques qui ont été falsifiés pour satisfaire les vues trinitaires de l'Eglise. Ces textes sont 1 Jean 5:7 et 1 Timothée 3:16.
Dans la Version Autorisée (anglaise), utilisée par Newton, comme dans des versions françaises anciennes telles que la traduction d'Ostervald, le texte de 1 Jean 5:7 se lisait ainsi : "Car il y en a trois qui rendent témoignage dans le ciel : le Père, la Parole, et le Saint-Esprit ; et ces trois-là sont un."
Newton recourut aux écrivains de l'Eglise primitive, aux manuscrits grecs et latins, et au témoignage des premières versions de la Bible pour démontrer que les mots "dans le ciel : le Père, la Parole, et le Saint-Esprit; et ces trois-là sont un", censés appuyer la doctrine de la Trinité, n'existaient pas dans le texte original grec des Ecritures inspirées de Dieu. Puis il révéla que ce faux s'était glissé dans les versions en latin, d'abord sous forme de note marginale, puis dans le texte lui-même. Il prouva qu'il ne fut introduit dans le texte grec qu'en 1515, par le cardinal Ximenes, sur la foi d'un manuscrit grec récent, corrigé d'après le latin.
Son ouvrage traite aussi, mais moins longuement, du texte de 1 Timothée 3:16 où on peut lire ceci dans la version Ostervald : "Et certainement le mystère de piété est grand ; Dieu a été manifesté en chair, justifié par l'Esprit, vu des anges, prêché aux gentils, cru dans le monde, et élevé dans la gloire."
Newton démontra que l'on avait légèrement retouché le texte grec pour introduire le mot "Dieu" dans la phrase "Dieu a été manifesté en chair". Il prouva que les premiers rédacteurs de l'Eglise qui utilisaient ce verset ignoraient tout de cette falsification.
Résumant ces deux passages, Newton écrivit : "Si, débattant de la décision à prendre sur le plus grand mystère de la religion, les églises anciennes ne savaient rien de ces textes, je ne vois pas pourquoi nous en serions si entichés à présent que le débat est clos." Isaac Newton a achevé cette thèse voilà plus de deux siècles. Pourtant, il a fallu attendre le XIXe siècle pour que les traducteurs de la Bible commencent à corriger ces versets. De fait, la plupart des traductions modernes de la Bible ont maintenant restitué le mot "il" à la place de "Dieu". La Bible de Jérusalem, traduction catholique, ajoute même cette note en bas de page : " 'Il', au masculin, c'est le Christ."
Si Isaac Newton rejetait la Trinité, c'était parce qu'il n'avait pu vérifier dans les Ecritures la véracité de cette doctrine soutenue par les credo et les conciles. Il était fermement convaincu qu'on pouvait éprouver la valeur des arguments par la logique. D'après lui, rien de ce que Dieu a créé n'est sans dessein ni sans raison ; donc les enseignements de la Bible devraient s'appuyer, eux aussi, sur la logique et sur la raison. Newton donna une autre raison pour laquelle il rejetait la Trinité : "L'homoousion [doctrine selon laquelle le Fils serait consubstantiel au Père] est inintelligible. Depuis le concile de Nicée on n'y a jamais rien compris. Or, ce qui ne peut se comprendre ne relève pas de la croyance."
Ecrits en latin et remplis de citations bibliques, les Argumenta sont peut-être le résumé le plus complet des idées de Newton contre la Trinité. Il est particulièrement intéressant de lire les arguments quatre à sept :
"4. Puisque à un moment donné Dieu a engendré le Fils, celui-ci n'existait pas de toute éternité. - Proverbes 8:23, 25.
5. Parce que le Père est plus grand que le Fils. - Jean 14:28.
6. Parce que le Fils ignorait sa dernière heure. - Marc 13:32 ; Révélation 1:1 ; 5:3.
7. Parce que le Fils a reçu toutes choses du Père."