Newton et la religion.

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Newton fut profondément religieux toute sa vie. Fils de puritains il a passé plus de temps à l'étude de la bible que de la science. Une étude de tout ce qu'il a écrit révèle que sur les 3.600.000 mots qu'il a écrits, seuls 1.000. 000 concerne la science et 1.400.000 la théologie34. Il a notamment produit des écrits sur la Bible et les Pères de l'Église dont un An Historical Account of Two Notable Corruptions of Scripture une critique textuelle des Saintes Écritures qui a été remarqué. À Cambridge, John Locke à qui il avait parlé de ses écrits théologiques, l'engagea à persévérer.
Il croyait en un monde immanent, mais rejeta l'hylozoïsme implicite de Leibniz et Spinoza35. Il voit une évidence du dessein divin dans le système solaire : « L'admirable uniformité du système planétaire force à y reconnaître les effets d'un choix »N 3. Il insistait cependant sur le fait qu'une intervention divine serait requise pour « réparer » le système en raison de la lente croissance de son instabilité36.
Selon un avis contesté par Snobelen37, T. C. Pfizenmaier soutient que la vision de Newton sur la Trinité était plus proche de celle de l'Église orthodoxe que de celle des catholiques romains, des anglicans et de la plupart des protestants38.
L'historien Stephen D. Snobelen dit « [qu'] Isaac Newton était un hérétique. Cependant … il ne fit jamais de déclaration publique sur sa propre foi que les orthodoxes auraient considérée comme extrêmement radicale. Il cacha si bien sa foi que les chercheurs n'ont toujours pas réussi à élucider ses propres croyances. »37. Snobelen conclut que Newton était au moins sympathisant du socinianisme (il possédait et avait lu consciencieusement au moins huit ouvrages sociniens), probablement un arien et surtout un antitrinitarien37; trois formes ancestrales de ce que l'on nomme aujourd'hui l'unitarisme. À une époque notoire pour son intolérance religieuse, il existe peu de traces de l'expression publique des vues radicales de Newton, les plus notables sont ses refus de l'ordination et, sur son lit de mort, celui du dernier sacrement37.
Newton, chrétien fervent, va adopter ce qu'on pourrait nommer « un positivisme méthodologique, en vertu duquel est reconnue l'autonomie du discours scientifique, sans que cette attitude en matière d'épistémologie implique le renoncement à tout arrière-plan métaphysique et théologique »39. C'est ainsi que bien que la loi universelle de la gravitation soit sa découverte la plus connue, Newton met en garde ceux qui verraient l'Univers comme une simple machine. Il affirme : « La gravité explique le mouvement des planètes, mais elle ne peut expliquer ce qui les mit en mouvement. Dieu gouverne toutes choses et sait tout ce qui est ou tout ce qui peut être. »N 4,40.