Même si Calvin s’est débarrassé de son rival, il perd de son emprise. L’exécution injustifiée de Servet révolte toute l’Europe. Elle fournit aussi un argument de poids aux défenseurs de la liberté individuelle, pour qui personne ne doit être tué à cause de ses croyances. Ils deviendront plus déterminés que jamais à poursuivre leur lutte pour la liberté religieuse.
“ Ni Dieu ni son esprit n’ont conseillé un tel acte, protestera le poète italien Camillo Renato. Christ n’a jamais traité de la sorte ceux qui l’ont renié. ” Quant à Sébastien Castellion, humaniste français, il écrira : “ Tuer un homme, ce n’est pas défendre une doctrine, c’est tuer un homme. ” Servet lui-même avait déclaré : “ Pour moi, c’est une affaire très grave que de tuer des hommes parce qu’on les croit dans l’erreur ou pour quelque détail d’interprétation des Écritures, quand on sait que même les élus peuvent se tromper. ”